Вода из скважины поступает к нам из подземных глубин, где как мы думаем, не возможна жизнь. Однако, практика показывает совершенно другое. Из-за пористости поверхностных грунтов и трещин скальной породы существует опасность попадания сточных вод в водоносные горизонты. Особенно это актуально для посёлков с высокой плотностью застройки. И поселений не имеющей центральной системы канализации..
По нормам СанПин, стандартный лабораторный анализ воды проводится на общее микробное число и на наличие двух разновидностей бактерий: Колиформные и Термотолерантные .
- Общая микробная численность (ОМЧ) показывает количество микроорганизмов, в том числе и потенциально опасных для человека.
- Общие колиформные бактерии (ОКБ). Многие представители данной группы являются микроорганизмами нормальной микрофлоры желудка (постоянно живут в человеческом организме), поэтому превышение данной группы микроорганизмов может говорить о возможно антропогенном (в том числе и фекальном) загрязнении воды.
- Термотолерантные колиформные бактерии (ТКБ) входят в число общих колиформных бактерий, обладают всеми их признаками, но кроме того, устойчивы к высоким температурам. Их определение в лабораторных условиях достаточно не сложно и свидетельствует загрязнении водоносного горизонта стоками.

Еще одна опасность загрязнения водоносных горизонтов - это не правильно выполненная обсадка скважины, герметизация ствола, что может вызвать попадание поверхностных вод внутрь.
Современные технологии водоочистки предлагают несколько методов обеззараживания потребляемой воды. В городском централизованном водоснабжении применяется метод хлорирования. В некоторых городах начинают применять более современные технологии - установки озонирования воды.
В частных домовладениях используется наиболее эффективный способ обработки воды из скважины - УльтроФиолетовое обеззараживание (УФО). Суть этого метода в том, что вся вода поступающая к потребителю, проходит через мощный источник Ультро Фиолетового излучения (кварцевую лампу), которая убивает все микроорганизмы ( 99,6% ). Такой способ не влияет на качество потребляемой воды и является очень эффективным.